首页
首页» 学术交流
 

王小利赴上海美吉生物公司培训报告

作者:         发布日期:2017-09-05     浏览次数:

     

  依据西北农林科技大学教学类实验技术人员外出培训学习计划,我于2017年7月31日至8月4日参加了由美吉生物科技有限公司在上海举办的暑期宏基因组精品生物信息培训班。有来自全国高等院校和科研机构的专家教授、研究生共41人参加了本次培训,培训班采用理论和演示相结合的教学形式,使我在短时间内对宏基因组研究中涉及的理论和方法得到进一步地提高,同时与授课专家进行现场交流与咨询,探讨了在平时教学科研中的瓶颈问题。

  

  培训内容包括理论部分、上机操作部分环节,并在课余时间参观了实验室及工作环境。理论培训部分介绍了宏基因组研究发展概要、宏基因组测序过程和实验原理以及宏基因组数据分析思路,主要内容包括宏基因组技术基本概述、技术流程、案例解析;宏基因组实验设计(包括采样、自提 DNA 等)、测序流程、测序结果详细解读;以及基于高质量reads和基于contigs各模块分析思路、常用的软件和数据库。

  上机操作部分包括Linux入门,宏基因组质控、组装、基因集构建,宏基因组物种与功能注释,宏基因组常见数据库使用方法,物种与功能组成分析,样本比较分析&环境因子关联分析,关联与模型预测分析&进化分析,物种与功能差异分析,宏基因组数据深度挖掘,常用软件工具与数据上传。主要操作内容包括基础文件操作及awk、sed、grep等实用命令;数据清洗、序列组装、基因预测、非冗余基因集构建;物种注释方法,KEGG、抗生素抗性基因等各种功能注释的适用范围及生物学意义;KEG等在线数据库及其网页工具使用、适用范围介绍,数据挖掘案例解析;Venn图、heatmap热图、MEGAN软件;层次聚类树、PCA、PCoA和 RDA冗余分析;Cytoscape网络图和MEGA进化树;Stamp分析和LEfSe差异判别分析;MicroPITA、PERMANOVA、Mantel Test等环境因子关联分析;物种与功能贡献度分析;随机森林、ROC等模型预测分析、菌型分析、binning 等;MG-RAST/IMG等介绍、AI软件和数据上传NCBI等。

  

  从事生物技术实验教学20多年,经历了普通遗产学、细胞遗传学、分子生物学、农业生物技术等课程实验课教学,深感生物技术发展迅速。尤其是近年来高通量测序技术的突飞猛进,带动了一些生物技术公司的蓬勃发展,这些公司有着最前沿的技术和富有活力的年轻技术人员,反过来也推动了生物技术的快速发展。作为高校实验技术人员确实需要到一些大的生物公司培训提高,把最前沿的实验技术理论和方法学回来应用到教学和科研服务中去。通过5天紧张的学习,了解了宏基因组技术在生物技术领域的科学研究价值和应用前景,拓宽了自己的知识体系和研究思路。通过与同行交流也使自己在生物技术和生物信息学分析方法上有了进一步的提高,为以后的教学和科研工作奠定了一定的基础。希望学校有关部门可以采取派出去和请进来等多种渠道,给实验技术人员提供更多的培训机会,从根本上提高实验技术人员的业务水平。

版权所有  西北农林科技大学农学院  我们的位置  您好:您是第  位访客